En octobre 2020, un variant est détecté pour la première fois en Inde. Baptisé variant indien, puis variant Delta, il se propage rapidement dans le monde. En Suisse, il représente déjà une part majoritaire des cas positifs. Et ce, alors même que la part des nouvelles infections était estimée à moins de 5% il y a seulement six semaines.
Le variant Delta se traduit par une modification au niveau de la protéine Spike, qui sert de «clé» au virus pour pénétrer dans les cellules qu'il infecte. Cela entraîne une réduction de l'efficacité de la réponse immunitaire et une augmentation de la transmissibilité du virus.
Selon une nouvelle étude chinoise, il est prouvé que le variant Delta peut se répliquer plus rapidement dans l'organisme et a donc une période d'incubation plus courte que les autres variants. En outre, la charge virale dans les cavités nasales et pharyngées des personnes infectées est massivement plus élevée.
La forte transmissibilité du virus explique la montée en flèche du nombre de cas dans différents pays, dont la Suisse. Selon les données britanniques, le variant delta est 40 à 60% plus contagieux que le variant Alpha (B.1.1.7), précédemment dominant, qui a été détecté pour la première fois au Royaume-Uni. Comparé à la souche originale du virus de Wuhan, Delta est même deux fois plus contagieux.
Cependant, la question de savoir si le variant Delta est également plus dangereux n'a pas encore été clairement clarifiée. Une première étude écossaise va dans ce sens: les personnes non vaccinées infectées par le variant Delta ont deux fois plus de risques d'être hospitalisées que les non vaccinés infectés par le variant Alpha.
Selon l'OMS, une analyse des données canadiennes portant sur plus de 200 000 cas de Covid-19, qui n'a pas encore été publiée, indique également un risque accru après une infection par Delta: le risque d'hospitalisation était environ 120% plus élevé. Le risque de transfert aux soins intensifs était encore plus élevé (287%). Enfin, les évolutions fatales de la maladie étaient 137% plus fréquentes.
Ces chiffres soulèvent une question. Dans quelle mesure les vaccins actuellement utilisés protègent contre le variant Delta? Comme cette mutation n'est pas répandue depuis très longtemps, il n'a pas encore été possible de collecter et d'analyser beaucoup de données. Toutefois, il existe déjà quelques études réalisées en Israël, en Grande-Bretagne ainsi qu'aux Etats-Unis.
Si les pays sont parvenus à des résultats en partie contradictoires, il est important de noter que les vaccins de Biontech/Pfizer, Moderna, Johnson & Johnson et Astrazeneca ne sont pas efficaces à 100% contre le variant Alpha et la souche virale originale. Ainsi, une vaccination complète ne garantit pas une protection absolue, bien qu'elle prévienne les évolutions graves de la maladie.
Pour l'individu, cette protection est la plus importante. Pour l'ensemble de la population, en revanche, la fiabilité avec laquelle la vaccination prévient l'infection joue également un rôle, puisque les personnes vaccinées peuvent tout de même transmettre le virus. Si un variant plus contagieux apparaît, comme le variant Delta, un grand nombre de personnes peuvent être infectées en peu de temps - qu'elles soient vaccinées ou non vaccinées.
Lorsque des millions de personnes ont déjà été vaccinées, le nombre de ce qu'on appelle «cas de percée vaccinale» augmentent. C'est-à-dire des infections plus de 14 jours après avoir terminé l’immunisation complète vaccinale. Cela s’explique par le fait que les vaccins ne sont pas efficaces à 100%. Toutefois, ces chiffres doivent être mis en relation avec le fait que les personnes non vaccinées ont beaucoup plus de risques de développer une forme grave de la maladie.
Une analyse des chiffres préliminaires du ministère israélien de la santé suscite désormais l'inquiétude. Et pour cause. Elle fait état d'une baisse de la protection vaccinale avec le vaccin de Biontech/Pfizer.
Selon l'analyse, l'efficacité du vaccin en matière de protection contre l'infection n'est que de 39%. Cependant, elle offre toujours une protection de 91,4% contre les formes graves de la maladie et de 88% contre l'hospitalisation.
Ces derniers chiffres semblent confirmer une tendance qui pourrait être liée à la propagation du variant Delta. Le 5 juillet déjà, le ministère de la santé avait signalé que l'efficacité du vaccin de Biontech/Pfizer avait diminué depuis le début du mois de juin. Selon le rapport, la protection contre l'infection et les maladies symptomatiques était de 64%, contre les maladies graves et de 93% contre l'hospitalisation. En février, le vaccin avait permis d'éviter 95,8% des infections ainsi que 99% des cas graves et des hospitalisations, selon le ministère.
Toutefois, les chiffres absolus montrent que la vaccination reste efficace: au moins 5,2 millions de personnes en Israël ont déjà été vaccinées deux fois; parmi elles, seules 5770 infections ont été enregistrées après un total de 1 152 914 tests. Parmi les personnes infectées, 334 ont été hospitalisées et 123 sont décédées.
En tout état de cause, la signification des nouvelles données en provenance d'Israël est sujette à controverse. Il semble qu'une grande partie des tests ait eu lieu dans des points chauds et, de plus, que ce sont surtout des personnes âgées qui ont été testées. La proportion de personnes doublement vaccinées et jeunes parmi les personnes testées est plutôt faible.
Il est également possible que parmi les personnes hospitalisées et décédées, il y ait eu de nombreux patients atteints de maladies préexistantes, comme l'a montré une récente étude israélienne. Mais il est également possible que la protection vaccinale s'affaiblisse actuellement chez les personnes âgées, qui ont généralement été vaccinées en premier. Ainsi, avant de disposer d'une évaluation scientifique des chiffres, il n'est pas possible de tirer de véritables conclusions.
En revanche, les chiffres de la Grande-Bretagne ont été évalués scientifiquement. L'étude portant sur 19 000 personnes testées, publiée dans le New England Journal of Medicine, a pu montrer que l'efficacité du vaccin de Biontech/Pfizer était d'environ 88% avec le variant Delta après deux doses de vaccins. Pour le vaccin d'Astrazeneca, qui est largement utilisé au Royaume-Uni, ce taux était de 67%.
Cependant, ce niveau de protection contre la maladie, quel qu'en soit le type, n'a été atteint qu'après la deuxième dose de vaccin. Après la première dose, le vaccin de Biontech/Pfizer n'offrait qu'une protection de 36%, et celui d'Astrazeneca de 30% seulement. Cela montre combien il est important d'administrer les deux doses de vaccin.
Par ailleurs, la protection vaccinale contre le variant Delta –du moins selon les résultats de cette étude– n'est que légèrement réduite par rapport à l'efficacité contre le variant Alpha. Là, le vaccin de Biontech/Pfizer atteint 93% après la deuxième dose et celui d'Astrazeneca 74,5%.
Une étude de suivi britannique, qui n'a été publiée que sous forme de préimpression, a également montré que les vaccins protègent contre les formes graves de la maladie qui nécessitent une hospitalisation. L'étude, qui a examiné 14 019 cas symptomatiques avec le variant Delta, a conclu que les vaccins protègent aussi bien contre un tel scénario qu'avec le variant Alpha: le vaccin de Biontech/Pfizer a protégé à 94% après la première dose et à 96% après la seconde; les valeurs correspondantes pour le vaccin d'Astrazeneca étaient de 71 et 92%.
L'étude écossaise mentionnée au début, parue mi-juin dans la revue spécialisée The Lancet, a examiné l'efficacité des vaccins de Biontech/Pfizer et Astrazeneca en termes de protection contre les infections et les maladies graves. Il a été démontré ici que la protection contre l'infection était réduite pour les deux vaccins face au variant delta: le vaccin de Biontech/Pfizer assurait une protection de 92% contre le variant alpha deux semaines après la deuxième dose, mais seulement de 79% contre le variant delta. Chez Astrazeneca, les deux valeurs étaient inférieures: 73% pour Alpha et 60% pour Delta.
En revanche, la protection contre l'hospitalisation était élevée: après la deuxième dose, elle était de 92% pour le vaccin Biontech/Pfizer et de 92% pour Astrazeneca. Toutefois, les auteurs de l'étude ont reconnu qu'ils ne pouvaient s'appuyer que sur un nombre limité d'admissions à l'hôpital et que ces valeurs devaient être prises avec prudence.
Il y a actuellement moins de données disponibles sur l'efficacité du vaccin de Moderna contre le variant Delta. Une étude de laboratoire, qui n'a été publiée que fin juin a conclu que ni les variantes Alpha, Bêta, Gamma ou Delta n'étaient neutralisées aussi bien que le type original du virus. Néanmoins, l'efficacité globale du vaccin Moderna est restée élevée.
Une étude de la faculté de médecine de l'université de Stanford, parue en juillet dans le New England Journal of Medicine, a également examiné l'activité des anticorps dans le sérum sanguin des personnes vaccinées et des personnes guéries. Elle a montré que le variant Delta était neutralisé presque trois fois moins intensément que la souche originale chez les sujets vaccinés avec les vaccins Moderna et Biontech/Pfizer.
Cependant, la plupart des sérums sanguins de ceux qui ont guéri ainsi que de tous ceux qui ont été vaccinés montrent une activité de neutralisation. Les auteurs de l'étude en ont conclu que la protection immunitaire fournie par les vaccins à ARNm est aussi efficace contre le variant Delta.
Une étude canadienne, qui n'a pas encore été soumise au processus d'examen par les pairs, a certifié que le vaccin Moderna avait un effet protecteur de 72% contre la maladie due au variant Delta après l'administration de la première dose. Ce résultat est supérieur à celui de Pfizer/Biontech (56%) et Astrazeneca (67%). Les données sur l'efficacité protectrice après deux doses n'étaient disponibles que pour le vaccin Biontech/Pfizer (87%).
Selon cette étude, Moderna offre également une protection légèrement supérieure (96%) contre l'hospitalisation après une dose que les deux autres vaccins. Cependant, au Canada, ce sont principalement des personnes plus jeunes qui reçoivent le vaccin Moderna; cette circonstance peut avoir influencé le résultat. Le vaccin Moderna offre également une protection de 72% contre la maladie symptomatique avec le variant Delta, selon les données de Public Health England (PHE). Là encore, le vaccin a donné des résultats plus prometteurs que celui de Biontech/Pfizer (61%). Toutefois, cette valeur concerne les personnes de moins de 40 ans et, là aussi, on ne dispose pas encore de données sur l'effet protecteur après la deuxième dose.
Le vaccin de Janssen (Johnson & Johnson), qui est homologué en Suisse, est administré en une seule dose. À l'image du vaccin d'Astrazeneca, le vaccin utilise un adénovirus comme porteur de l'information génétique de la protéine de pointe du Sars-Cov-2. Lors des essais cliniques, le vaccin a protégé 66,1% de la population contre l'infection, soit nettement moins que les vaccins de Biontech/Pfizer et Moderna. Comme pour le vaccin Moderna, il n'y a pas encore beaucoup de données disponibles sur l'effet protecteur contre Delta.
De son côté, Janssen a annoncé, dans un communiqué de presse, que le vaccin offrait une «activité anticorps forte et durable» contre Delta. Le pourcentage de l'effet protecteur n'a toutefois pas été indiqué. Cependant, le vaccin a permis de prévenir 85% des cas graves de la maladie. Une très petite étude, parue sous forme de préimpression début juillet, est parvenue à la conclusion que les anticorps contre la variante delta étaient moins efficaces que contre le type original, mais plus forts que contre les variantes Bêta et Gamma.
Une récente étude de la Grossman School of Medicine de New York, qui n'a pas encore été confirmée par les experts, a montré que l'effet protecteur du vaccin de Janssen contre le variant Delta était nettement plus faible que celui des deux vaccins à ARNm de Biontech/Pfizer et Moderna. Ceux-ci ont montré un effet protecteur significativement meilleur contre le type original du virus que chez les individus ayant eu la maladie et une efficacité réduite contre le variant delta (mais toujours meilleure que chez les personnes guéries). En comparaison, le vaccin Janssen n'a obtenu qu'un effet protecteur très réduit contre le type original et une efficacité encore plus réduite contre le type Delta.
