En 1815, le Congrès de Vienne rattache l'ancienne Principauté épiscopale de Bâle au canton de Berne pour lui compenser la perte du Pays de Vaud et des bailliages argoviens. Leurs Excellences acceptent difficilement un cadeau qui ne laisse pas de les inquiéter. Entre Berne, un canton alémanique, protestant, et le Jura, région francophone, partiellement catholique, le mariage n'est pas évident.
Les libéraux bernois, dans les années 1830, cherchent à contrôler l’Eglise catholique à l’instar de l’Eglise protestante. Dans les années 1870, les radicaux anticléricaux, à l'imitation de ce qui se passe en Allemagne, décident d’apporter la lumière de la civilisation dans les régions catholiques. D’où des passions politico-religieuses et la venue de troupes cantonales qui maintiennent l’ordre dans le nord du Jura, où l’armée passe pour radicale.
La naissance en 1917 d’un mouvement séparatiste s’explique, entre autres, par les luttes entre conservateurs et libéraux-radicaux, par le fossé entre Alémaniques, plutôt germanophiles, et Romands, plutôt francophiles. De La Neuveville à Boncourt, il ne rassemble qu’un nombre limité de notables. Il apparaît plus fort dans le Sud que dans le Nord.
En 1947, le Grand Conseil bernois refuse de confier à un francophone les travaux publics au conseiller d’Etat jurassien Georges Moeckli, sous le prétexte fallacieux qu'il parle mal le dialecte. Un mouvement séparatiste se crée, le Rassemblement jurassien (RJ). Après l’échec du plébiscite de 1959, le RJ, sous l’impulsion de Roland Béguelin, fonde son action sur l’ethnie française, qui cadre mal avec la revendication territorialiste «Jura historique», d’où le lâchage du district de Laufon germanophone.
A la fin des années 1950, le Département militaire fédéral projette une place d'armes pour blindés aux Franches-Montagnes ou à Bure, ce qui suscite une forte opposition dans les régions concernées. Le RJ, avec son discours antimilitariste, anti-places d'armes dans le Jura, est officiellement non violent. Ses tribuns dénoncent souvent des Suisses alémaniques réactionnaires et bornés. La Fête annuelle du Peuple jurassien à Delémont, ainsi que de grandes manifestations motivent militants et sympathisants.
Le Groupe Bélier, formation de choc séparatiste créée en mai 1963, multiplie les actions non violentes, mais très médiatisées; dans la foulée, constitution de l’Union des patriotes jurassiens et du Groupe Sanglier, antiséparatistes. Des violences et des attentats «anti-places d’armes» se produisent aux Franches-Montagnes et en Ajoie. Des objecteurs-patriotes déposent leurs affaires militaires, parce que l’armée «occupe le Jura pour mater d’irréductibles autonomistes».
Pro et anti-Bernois, Sangliers et Béliers montent des opérations, manifestent, contre-manifestent, avec des pics de violence, en septembre 1975 et en avril 1977, à Moutier. Les grenadiers de la police cantonale interviennent.
Les quelques activistes du Front de libération jurassien (FLJ) commettent une douzaine d’attentats entre 1962 et 1966. Il n’empêche qu’entre 1947 et 1978, la lutte séparatiste reste essentiellement politique et non violente. Le 30 août 1964, des militants séparatistes, après avoir déposé une gerbe au pied de la Sentinelle, conspuent le conseiller fédéral Paul Chaudet ainsi que le conseiller d’Etat bernois Virgile Moine, et les empêchent de parler.
Un Mouvement pour l'unité du Jura apparaît durant l'été 1969; cette «Troisième Force», qui prône l'octroi d'un large statut d’autonomie du Jura dans le cadre du canton de Berne, n'a qu'un faible impact dans le Jura bernois.
Les maladresses des autorités fédérales et cantonales donnent de la munition au RJ. Ainsi, le 30 août 1968, la mise de piquet de troupes pour assurer, si nécessaire, la protection d’infrastructures militaires dans le Jura, une mesure maladroitement tenue secrète, donne l’occasion au RJ de parler d’«occupation». Trente-deux officiers jurassiens protestent dans une lettre ouverte au chef du Département militaire. Le Gouvernement bernois relève de son commandement le premier-lieutenant Berberat, parce qu’il a pris la parole à la Fête du peuple jurassien à Delémont…
