La baisse du nombre de cas quotidiens et la fin de la plupart des mesures sanitaires la semaine passée peuvent donner l'impression que la pandémie est désormais derrière nous. Les autorités ne cessent pourtant de répéter que ce n'est pas le cas, mais il y a peut-être plus: un sous-variant d'Omicron, appelé BA.2, inquiète l'Organisation mondiale de la Santé (OMS). La raison? Il se propage très rapidement depuis quelques semaines.
Désormais, BA.2 est dominant dans dix pays, dont la Chine, l'Inde et le Danemark. Dans ce dernier Etat, environ 93% des nouveaux cas sont actuellement imputables à ce sous-variant, alors qu'au Royaume-Uni, sa prévalence a été multipliée par six en quatorze jours.
Quelle est la situation en Suisse? BA.2 va-t-il supplanter la première version d'Omicron? Faut-il s'inquiéter? On a posé ces questions à Didier Trono, virologue et professeur à l'EPFL.
Quelles sont les dernières données suisses concernant la propagation d'Omicron et de ses sous-variants?
Selon les derniers chiffres officiels, Omicron est pratiquement le seul variant circulant en Suisse actuellement. BA.1 représente 90% des infections et BA.2 10% environ.
Selon l'OMS, dix pays ont signalé une prédominance de BA.2 supérieure à 50%, est-ce qu'il pourrait supplanter la souche originale d'Omicron?
BA.2 augmente en effet, comme il l’a fait précédemment dans d’autre pays, sans doute à cause d’une infectivité légèrement supérieure à BA.1. On note que ce variant est 1,5 fois plus infectieux que BA.1. Selon les études menées en laboratoire, les propriétés de BA.2 diffèrent subtilement de celles BA.1. En effet, BA.2 poussant mieux dans les cellules épithéliales nasales, induisant plus de fusion des cellules entre elles et causant plus de symptômes lorsqu'on l'injecte au hamster. Il faut toutefois relever que nous ne savons pas pour l'instant si les expériences effectuées sur les hamsters préfigurent de la sévérité de l'infection sur l'humain.
Mais BA.2 reviendra peut-être cet automne ou sera supplanté par un nouveau variant. Nous n'avons pas de certitudes à ce sujet.
Doit-on craindre ces sous-variants?
Nous devons toujours évaluer ces variants ou sous-variants selon les trois critères donnés par l'OMS. La contagiosité, la virulence de l'infection et l'efficacité des traitements ou des vaccins.
Ce que nous observons aussi, c'est que BA.2 résiste à la neutralisation par les seuls anticorps monoclonaux actuellement disponibles en clinique et actifs contre Omicron (mais donc uniquement BA.1). Ce sous variant peut échapper partiellement à ces anticorps. Ceci pose donc un problème pour les personnes dont le système immunitaire n’est pas capable de répondre à la vaccination.
A noter que de hauts taux de réplication du virus, où que ce soit dans le monde, favorisent l’émergence de nouveaux variants, y compris des souches susceptibles d’échapper à l’immunité induite par les vaccins et/ou une infection préalable, et que de tels variants peuvent ensuite se répandre sur l’ensemble de la planète.
Des chercheurs américains notent "une diminution importante et significative de l'activité neutralisante des sérums," en d'autres termes, une baisse d'efficacité des vaccins pour le sous-variant BA.2, faut-il s'en inquiéter?
Il faut toujours rester prudents face à de telles affirmations, car la comparaison entre les pays peut s'avérer délicate. Il faut se demander de quels vaccins parle-t-on? Dans quelle population le virus circule-t-il? Ce que je peux dire aujourd'hui, c'est qu'à l'instar de BA.1 (premier sous-variant d'Omicron, dominant actuellement), une troisième dose de vaccin induit une immunité relativement bonne contre BA.2, capable de protéger dans la majorité des cas, sinon contre l’infection du moins contre la maladie grave.
Le sous-variant BA.2 entre-t-il dans les classements de l'OMS, si oui, pourquoi est-il digne d'intérêt?
Il est pour l’instant étiqueté «variant à suivre», parce qu’il se propage à un rythme légèrement supérieur à BA.1.
Nous revenons toujours aux trois critères de l'OMS, soit la transmissibilité, la virulence et l'efficacité de l'immunité (vaccin ou infection préalable). A noter qu'un variant et encore plus un sous-variant comme le BA.2 a des difficultés à échapper complètement à l'immunité de type cellulaire (une sorte de back-up des anticorps neutralisants), induite par une vaccination complète ou une infection, pour autant que cette dernière ait été "robuste”. Sur le plan médical, je dirais donc que pour l'instant, pour les personnes avec un système immunitaire fonctionnel, il n'y a pas de quoi tirer la sonnette d'alarme.
