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Interview

Une chasseuse de virus raconte la découverte du variant Omicron

Emma Hodcroft.
Emma Hodcroft.source: wikimedia
La «chasseuse de virus» Emma Hodcroft analyse leurs gènes pour comprendre la propagation des mutations. Dans le cas du nouveau variant Omicron, ça relève carrément du roman policier.
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05.12.2021, 08:0806.12.2021, 12:16
Sabine Kuster / ch media

S'il vous prenait l'envie d'écrire un e-mail à Emma Hodcroft, ne vous attendez pas à recevoir de réponse. Tout au plus un message automatique qui vous renverra directement à ses interviews accordées à la BBC, au sujet du tout nouveau variant Omicron. La réponse automatique précise également qu'elle ne peut pas répondre à toutes les sollicitations des médias.

En effet, la «chasseuse de virus» de 35 ans est très demandée depuis le début de la pandémie. Née d'une mère texane et d'un père écossais, Emma Hodcroft a été post-doctorante à l'université de Bâle auprès de Richard Neher, où elle a mené des recherches sur le VIH. Depuis un an, elle travaille à l'Institut de médecine sociale et préventive de l'Université de Berne, aux côtés de l'épidémiologiste Christian Althaus.

Malgré tout, elle a pris le temps de nous clarifier, le temps d'un trajet en train entre Bâle et Berne entrecoupé par des passages de tunnels, les tenants et aboutissants de ce nouveau variant.

Omicron était déjà présent dans d'autres pays comme l'Ecosse ou les Pays-Bas, avant l'avertissement de l'Afrique du Sud. Comment cela se fait-il? Ces pays ne savaient-ils pas jusque-là ce qu'ils cherchaient?
Emma Hodcroft: Lors du séquençage des virus, on constate toujours de nombreuses mutations. Il n'est cependant pas toujours clair si celles-ci transforment un virus en un nouveau variant, avec un mécanisme d'action modifié sur le corps humain. On ne recherche donc un variant de manière ciblée que lorsque quelqu'un a remarqué une accumulation.

Les spécialistes du séquençage viral du monde entier n'ont donc pas automatiquement remarqué ce variant?
Dans le cas d'Omicron, c'est le virologue Tom Peacock, à Londres, qui a été le premier à signaler sur Github.org que «B.1.1'529» avait un nombre inhabituellement élevé de mutations sur la protéine spike. Ce n'est qu'à ce moment-là que les équipes nationales ont commencé à en chercher davantage et que l'équipe sud-africaine a trouvé une accumulation. Cela explique aussi pourquoi d'autres pays annoncent maintenant peu à peu qu'ils ont des cas d'omicron, dont certains sont apparus avant ceux d'Afrique du Sud. Mais dans d'autres pays, il n'y a apparemment pas encore eu d'accumulation significative jusqu'à présent. Les cas montrent seulement que la mutation a déjà fait le tour du monde avant d'être découverte.

Tulio de Oliveira, le directeur de la plateforme de séquençage sud-africaine Krisp, a mis en garde le fait de pénaliser, par des restrictions de voyage, les pays qui attirent particulièrement vite et facilement l'attention sur les mutations. Êtes-vous d'accord ?
Oui, il faut être très prudent. On peut très bien imaginer que des pays se retiennent à l'avenir de découvrir des mutations inquiétantes, parce qu'ils ont vu comment d'autres pays ont été punis et ont subi des dommages au niveau économique. On peut s'attendre à de telles réactions, en particulier lorsque les pays sont aussi dépendants du tourisme que ne l'est l'Afrique du Sud. Il devrait pourtant être clair désormais que les restrictions de voyage ne font que retarder la propagation. La mutation se diffusera de toute façon, surtout si elle est encore plus contagieuse.

image: Keystone

Tulio de Oliveira s'est soudainement retrouvé sur les chaînes d'information du monde entier. Vous le connaissiez déjà?
Oui, je le connaissais. Avant la pandémie, il travaillait dans la recherche sur le VIH, comme moi.

Qu'en est-il des autres chercheurs qui séquencent les gènes des virus? Avez-vous soudain davantage de collègues dans le monde entier?
Oui, les contacts se sont améliorés et se sont multipliés. C'est le bon côté de la pandémie. Nous avons dû collaborer davantage pour être suffisamment rapides.

Comment échangez-vous?
Les derniers indices se propagent sur Twitter, mais de nombreuses informations sont également échangées sur des blogs scientifiques et par courrier électronique. Les données des virus séquencés génétiquement provenant des pays sont téléchargées sur Gisaid.org. Il s'agit d'une plateforme qui permet d'accéder librement aux données génomiques des virus de la grippe et du Sras-CoV-2. C'est ainsi que sont réalisées les représentations graphiques, comme sur ma plateforme Covariants.org, le Cov-spectrum de l'EPFZ, le site californien Outbreak.info ou le site anglais Cov-lineages.org.

Dans quel pays trouve-t-on les meilleurs chasseurs de virus mutants?
C'est difficile à mesurer, car tout le monde n'explore pas exactement les mêmes choses. Mais il y a des équipes qui sont très ouvertes et actives dans le partage de leurs résultats.

L'Afrique du Sud en fait-elle partie?
Absolument. Ils ont fait un travail incroyable dans cette pandémie. Ils collectent les données très rapidement et les partagent également. Cela tient probablement du fait que l'Afrique du Sud a une grande expérience de la recherche sur le VIH. Après la découverte du variant bêta il y a un an, et maintenant avec Omicron, les chercheurs sud-africains ont montré à quel point ils collaboraient avec le monde. Ils n'ont eu connaissance d'Omicron que quelques jours plus tôt. Le monde peut pour ainsi dire suivre leurs recherches en direct.

Avant l'apparition du Sras-CoV-2, est-ce que le séquençage de virus avait déjà été pratiqué?
Oui, cela a été fait jusqu'à présent, dans le monde entier pour le virus de la grippe. L'espoir est que l'on puisse utiliser ces informations pour produire de meilleurs vaccins contre la grippe. J'ai l'intention d'étendre le séquençage viral mondial à d'autres virus après la pandémie. Nous savons beaucoup de choses sur certains virus qui affectent l'homme et très peu sur d'autres virus également très présents.

Dans le cas du virus de la grippe, sait-on mieux quelles mutations ont une incidence sur la maladie chez l'homme?
Oui, nous comprenons déjà mieux les mutations du virus de la grippe. C'est parce que nous faisons des recherches sur ce virus depuis des décennies. Cependant, nous ne savons pas non plus comment le virus de la grippe va continuer à muter. C'est pourquoi les vaccins contre la grippe ont toujours un temps de retard. Mais c'est nettement moins grave pour la grippe, car chacun d'entre nous possède déjà une immunité de base. Pour le Sras-CoV-2, nous sommes beaucoup plus dépendants d'une bonne protection vaccinale sans immunité de base.

Vous avez déclaré à la BBC que le monde devait distribuer les vaccins de manière plus équitable, afin d'enrayer la pandémie. Devons-nous avoir mauvaise conscience lorsque nous boostons nos vaccins ?
Non, si un pays a déjà acheté les boîtes de boosters et qu'on les lui propose, il faut absolument les prendre. Elles ne seront certainement plus livrées ailleurs. Nous devons cependant inciter les gouvernements des pays riches à donner plus de doses de vaccin. Ce n'est plus tant une question de capacité de production mais plutôt des questions de financement et de logistique. Ces problèmes peuvent être résolus.

Une station de radio israélienne a cité cette semaine des données non confirmées selon lesquelles le vaccin de Pfizer serait seulement un peu moins efficace contre Omicron, du moins pour les personnes ayant reçu une troisième dose de vaccin. Quelle est la fiabilité de telles informations?
Les données précoces sont importantes. Mais si le nombre de données est faible, l'affirmation peut être inversée par la suite. C'est pourquoi je ne me fierais pas à une déclaration aussi hâtive.

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