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Faut-il avoir peur du sous-variant d'Omicron BA.2?

On ignore encore beaucoup de choses sur ce sous-variant, repéré surtout au Danemark et au Royaume-Uni. Mais il semblerait encore plus contagieux que la souche originale d’Omicron. Voici tout ce que l'on sait à présent.
31.01.2022, 17:15
Laure Dasinieres et Antoine Flahault / slate
Un article de Slate
Slate

Repéré majoritairement au Danemark et se répandant également au Royaume-Uni, le sous-variant d'Omicron BA.2 est actuellement sous la loupe des épidémiologistes et des virologues qui scrutent ses caractéristiques. Faut-il s'inquiéter de ce nouveau sous-variant? Changera-t-il la donne concernant l'évolution de l'épidémie en France, en Europe? Repoussera-t-il le pic attendu de quelques jours ou de quelques semaines ou créera-t-il à lui seul une nouvelle vague en supplantant BA.1? Aujourd'hui, beaucoup d'interrogations et d'incertitudes subsistent.

Essayons de faire le point en nous rappelant que les mutations à l'origine de l'émergence de variants sont dans l'ordre des choses de l'évolution de ce coronavirus, et que tous les variants ne constituent pas nécessairement une menace nouvelle.

Si à l'heure actuelle BA.2 pose question, c'est à cause du Danemark. Le pays fait office de poisson-pilote pour l'Europe en ce qui concerne cette pandémie, et notamment au niveau de cette vague liée à Omicron qui est arrivée sur son sol une semaine avant la France, en décembre dernier. Le Danemark espérait bien atteindre un pic épidémique de sa vague du sous-variant BA.1 d'Omicron autour de la mi-janvier. Car si ce pic semblait se profiler dans les premiers jours de janvier, il prend aujourd'hui un certain retard.

Pire, l'épidémie flambe à nouveau désormais, et le Danemark atteint des records européens en termes de nouvelles contaminations par habitant, avec une incidence hebdomadaire de près de 6'000 cas pour 100'000 habitants prévus dans les sept prochains jours. La courbe de mortalité par Covid-19 y repart aussi à la hausse, avec plus de vingt décès par jour. Ce pays, dont la population équivaut à celle de l'Occitanie, dépasse désormais son pic de mortalité du printemps 2020 (quinze décès quotidiens) et s'apprête à rejoindre celui de janvier dernier (trente morts par jour).

400% plus que contagieux que Delta

Omicron est un variant du SARS-CoV-2 détecté initialement au Botswana et en Afrique du Sud en novembre 2021. Cette souche comporte trois sous-variants: BA.1, BA.2 et BA.3. Le premier, BA.1, est celui que nous connaissons bien désormais, puisqu'il frappe la France et le reste de l'Europe, mais aussi l'Amérique du Nord depuis mi-décembre. BA.1 cause une réelle avalanche de nouvelles contaminations. Et pour cause: il est autrement plus contagieux que tous les variants précédents (300% à 400% plus que Delta, qui était lui-même 50% plus contagieux qu'Alpha).

Le variant BA.1 d'Omicron échappe à l'immunité humorale, celle exprimée par nos anticorps circulants, et peut ainsi contaminer des personnes même triplement vaccinées ou des personnes ayant déjà contracté le Covid-19 avec d'autres souches du virus. Omicron semble en revanche moins virulent, avec plusieurs hypothèses qui pourraient s'additionner.

Il infecterait davantage la zone ORL haute et moins souvent nos poumons. Ou encore, il infecterait moins l'ensemble de notre arbre respiratoire en raison de charges virales plus faibles. Une troisième hypothèse est qu'il rencontrerait désormais de plus en plus de personnes immunisées par le vaccin ou par de récentes infections au Covid, dont l'immunité à médiation cellulaire se serait renforcée et leur permettrait d'éviter les formes graves.

BA.2 dispose quant à lui d'une structure assez proche de BA.1: il est de la même lignée, mais présente vingt-huit mutations différentes de celles de BA.1, notamment des mutations sur la protéine Spike, qui pourraient être à l'origine de changements en termes de contagiosité et de virulence. De son côté, BA.3 semble discret et n'attire pas, pour le moment, la vigilance des spécialistes.

BA.2 peut échapper aux tests

Quelle est aujourd'hui la situation en France? Difficile à dire exactement. En effet, si les tests PCR détectent bien BA.2 en tant qu'ils se positivent au SARS-CoV-2, il arrive que, selon les méthodes de criblage utilisées, il passe hors des radars dès lors qu'il s'agit de le distinguer de BA.1.

Le nombre de tests effectués a explosé en Suisse la semaine passée. Pas moins de 657 311 tests (dont 84 % de PCR et 16 % d'antigéniques) ont été déclarés.
Le nombre de tests effectués a explosé en Suisse la semaine passée. Pas moins de 657 311 tests (dont 84 % de PCR et 16 % d'antigéniques) ont été déclarés.Image: sda

Explication (un peu technique) d'un biologiste médical: «Depuis trois semaines, on renseigne lors du criblage une nouvelle lettre, D. Contrairement aux autres, on a le choix de la cible moléculaire pour renseigner cette valeur (on choisit la mutation que l'on va regarder). Or, toutes les mutations présentes dans Omicron ne sont pas toujours présentes à 100%. C'est le cas d'une mutation (del 69-70) présente seulement chez le sous-clone BA.1 d'Omicron (ultra majoritaire en France), mais absente chez BA.2. Or, si on utilise la cible del 69-70 pour renseigner la lettre D (et ainsi afficher "Omicron" en résultat de criblage), en fait on ne détecte que les Omicron BA.1. Les Omicron BA.2, avec cette technique, apparaissent comme "autre variant".»

Ainsi, l'actuel codage des tests réalisés en laboratoire et les cibles utilisées ne permettent pas toujours de distinguer BA.2 d'un variant quelconque, ni même de BA.1. Cela peut conduire à sous estimer l'incidence de BA.2.

Reste que, contrairement à ce qui a pu être écrit un peu rapidement, BA.2 n'est pas un «variant furtif»: il n'échappe pas aux tests, et les personnes porteuses testées restent bel et bien positives.

BA.2 est devenu majoritaire en supplantant BA.1 au Danemark, et prend ce chemin au Royaume-Uni, en Norvège, comme c'est déjà le cas aux Philippines en en Inde. On peut donc postuler, sans être à 100% affirmatif, que BA.2 est plus contagieux que BA.1, mais différents autres facteurs peuvent entrer en ligne de compte. Par exemple, pourquoi la décrue continue-t-elle au Royaume-Uni, qui annonce déjà 20% de sous-variants BA.2 parmi ses virus isolés? La tendance britannique va-t-elle à son tour s'inverser et repartir à la hausse?

Nous en saurons bien sûr davantage dans les semaines qui viennent, et aujourd'hui, nous ne pouvons qu'observer ce qui se passe au Danemark, en Norvège et au Royaume-Uni. Bien sûr, certains scientifiques s'aventurent à prédire les caractéristiques attendues du variant sur la seule base de ses mutations, mais cela reste un exercice hautement discuté au sein de la profession, et nous préférons nous abstenir de tels paris.

Le Danemark vit-il un simple report de son pic de quelques jours? Une prolongation de sa vague automno-hivernale de quelques semaines? Ou encore le début d'une nouvelle vague, qui viendrait s'épauler sur celle BA.1 avant même qu'elle ait atteint son pic, un peu comme la vague Omicron l'avait fait sur Delta? Difficile de se prononcer pour le moment.

BA.2 va-t-il changer la donne?

La question se pose également en France, où un pic était espéré avant la fin janvier. Si les contaminations restent massives, le taux de reproduction converge lentement vers la valeur 1, c'est-à-dire que la courbe semble se diriger vers un pic ou un plateau. BA.2 va-t-il changer la donne comme il semble le faire au Danemark et en Norvège, ou bien la puissance de la décrue va-t-elle venir vidanger les réservoirs de coronavirus du pays comme elle semble le faire avec efficacité au Royaume-Uni ou en Irlande?

Pour le savoir, nous devrons être attentifs à l'évolution du taux de reproduction effectif, le fameux Re. S'il passe sous la valeur 1 prochainement, alors nous nous dirigerons vers une décrue. Rappelons-nous qu'à 0.9 le nombre de cas diminue de moitié tous les mois, et à 0.7 toutes les semaines. Mais actuellement, il reste supérieur à 1 au niveau national, avec quelques rares mais notables différences régionales.

Le nombre de nouvelles contaminations continue donc de monter partout en France métropolitaine, sauf en Île-de-France et en Corse, qui ont un taux de reproduction flirtant avec la valeur 1 depuis plus d'une semaine. Ces deux régions sont en équilibre instable sur le sommet de leur courbe, sans que l'on comprenne très bien pourquoi, et sans que l'on sache très bien de quel côté la balance va finir par pencher. La Réunion a quant à elle une dynamique qui ressemble à s'y méprendre à celle du Danemark. À explorer de près.

Donc, pour résumer...

Revenons à nos moutons, enfin à Omicron et à BA.2 et aux questions qui restent à ce jour en suspens:

  • BA.2 est-il plus contagieux? C'est probable, comme nous l'avons dit.
  • Est-il plus virulent? Pour le moment, rien ne laisse à penser que oui: la courbe des décès au Danemark monte, mais est de toute façon retardée de plusieurs semaines sur celle des cas, et les hospitalisations restent élevées. Les autorités danoises ne parlent pas de cas plus sévères avec BA.2 ni de formes cliniques atypiques; c'est plutôt rassurant car elles ont un excellent système d'informations épidémiologiques.
  • Est-ce que BA.2 va bénéficier d'un échappement immunitaire vis-à-vis de BA.1? En d'autres termes, le nouveau sous-variant risque-t-il de contaminer des personnes ayant déjà été contaminées par BA.1? Des cas de réinfections très récentes ont bien été rapportés par le Danemark, mais il est difficile de dire pour le moment s'ils ne sont qu'anecdotiques ou si la situation deviendra fréquente. On peut espérer que la proximité structurelle des deux sous-variants l'en empêchera.
  • Est-ce que BA.2 va échapper à l'immunité à médiation cellulaire et causer plus souvent des cas graves, y compris chez les personnes triplement vaccinées? Cette hypothèse très pessimiste semble très peu probable à ce jour.

Comme vous pouvez le constater, il reste aujourd'hui un certain nombre de zones d'ombre vis-à-vis du nouveau sous-variant BA.2. La première concerne l'évaluation même du phénomène en France, un pays qui séquence vraiment trop rarement et trop lentement ses souches virales. Mais les scénarios catastrophe semblent au moins écartés à ce jour.

Toutefois, il nous semble inquiétant que le gouvernement, comme plusieurs autres en Europe, ne prenne pas la mesure de l'incertitude qui entoure aujourd'hui la situation épidémiologique. Comment, dans un tel contexte, peut-on concevoir un calendrier de levée des mesures sanitaires basé sur des dates fixes et non sur des indicateurs sanitaires?

Le pass vaccinal ne va pas tou résoudre

En outre, la stratégie française ne semble miser quasiment que sur le pass vaccinal. Si celui-ci peut présenter des bénéfices à terme comme inciter à la dose de rappel et protéger les non-vaccinés en les écartant des lieux à risque, son efficacité reste très limitée sur la circulation même du virus dans la population. Pire, cette stratégie semble faire fi de la protection des personnes immunodéprimées ou immunosénescentes, ainsi que des enfants dont le nombre d'hospitalisations atteint des records en ce moment.

Tout le monde en a assez de cette pandémie et voudrait s'entendre dire qu'elle est en voie d'extinction. Mais n'est-il pas anachronique d'annoncer des allègements de mesures, à rebours de la courbe épidémique qui continue, elle, de grimper sans sembler se soucier de la proximité des élections nationales, alors que le Conseil scientifique préconise la prudence? La généralisation des masques FFP2 ne devrait-elle pas être promue pour tenter de limiter la propagation du virus?

Les enfants sont les moteurs de la croissance actuelle du nombre de nouvelles contaminations. L'Éducation nationale ne devrait-elle pas proposer que les vacances de février à venir soient mises à profit pour améliorer substantiellement la qualité de l'air intérieur des salles de classe et des cantines? Une telle initiative de la part du gouvernement serait saluée par la majorité de la population, et permettrait de s'attaquer à la racine du problème, c'est-à-dire aux contaminations là où elles se produisent en plus grand nombre.

Cet article a été publié initialement sur Slate. Watson a changé le titre et les sous-titres. Cliquez ici pour lire l'article original

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