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Au Danemark, le nombre de cas augmente à nouveau rapidement de l'apparition de BA.2, le sous-variant d'Omicron.
Au Danemark, le nombre de cas augmente à nouveau rapidement de l'apparition de BA.2, le sous-variant d'Omicron.image: keystone

Ce que nous savons sur BA.2, sous-variant d’Omicron dominant au Danemark

Un nouveau sous-variant d'Omicron fait exploser le nombre de cas au Danemark. Identifié également en Suisse, il serait plus transmissible que la souche d'origine et plus difficile à détecter. Tour d'horizon.
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25.01.2022, 06:1625.01.2022, 11:57
Lea Senn
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Depuis décembre, Omicron est le variant du coronavirus dominant en Suisse. Il s'agit plus précisément de la souche originale d’Omicron, appelée BA.1. Entre-temps, deux autres sous-variants sont apparus: BA.2 et BA.3. Au Danemark, la «première version» d'Omicron est déjà dépassée; BA.2 y est dominant et cela provoque une hausse des cas.

Quel est le rapport entre ce variant et la mutation précédente?

BA.1 et BA.2 se distinguent assez nettement, à savoir par 17 mutations. C'est une différence plus importante qu'entre la souche d'origine détectée à Wuhan et le variant Alpha, également appelé «variant britannique», qui était devenu dominant en Suisse en très peu de temps.

La variante BA.2 ne possède pas, entre autres, la délétion 69-70 dans la protéine spike, alors que les variantes BA.1 et BA.3 la possèdent.

BA.2 est-il plus transmissible que BA.1?

Il faudra attendre davantage de données et d'études pour donner une réponse exacte à cette question. Les premiers indices indiquent toutefois que BA.2 se propage encore plus rapidement que BA.1. Comme le dernier sous-variant s'est déjà imposé au Danemark, il doit présenter un avantage par rapport à la souche originale d’Omicron. Soit il est plus contagieux, soit il parvient mieux à contourner la réponse immunitaire.

Au Royaume-Uni, les premières données indiquent que la proportion de BA.2 double tous les quatre jours. Si cela continue, ce variant pourrait devenir dominant dans environ trois semaines.

Le défi des tests PCR

BA.2 est parfois aussi appelé «variant furtif», car les tests PCR ne permettent pas de l'identifier aussi bien. Comme ce sous-variant ne comporte pas la délétion 69-70 dans la protéine spike, il reste non identifiable par les tests PCR utilisant la méthode SGTF (S-gene target failure).

Cela ne signifie pas que l'infection ne peut pas être détectée, mais que le virus ne se distingue pas du variant Delta et peut être identifié comme Omicron.

Le séquençage du génome permet, toutefois, toujours de faire la distinction. Ce procédé étant plus complexe, le variant pourrait passer plus souvent inaperçu.

Où BA.2 a été découvert jusqu'à présent

Le nouveau sous-variant est déjà dominant au Danemark. En outre, il a déjà été détecté dans 48 autres pays, y compris en Suisse, où une dizaine de cas ont été signalés. L'Office fédéral de la santé publique (OFSP) ne signale, toutefois, pas (encore) séparément cette souche sur son site internet. Omicron représente actuellement 88,5 % des cas.

Comme c'est souvent le cas pour les nouveaux variants, la découverte est également liée à la fréquence à laquelle un pays séquence les échantillons de virus. Il est donc fort possible que les chiffres soient plus élevés.

Les conséquences de la propagation de BA.2

Dans les pays où le BA.2 représente déjà une part importante des infections, on constate une nette augmentation du nombre de cas. C'est le cas par exemple au Danemark, où les chiffres ont évolué de manière presque identique à ceux de la Suisse, mais avec environ trois semaines d'avance. Entre-temps, l'incidence au Danemark est environ deux fois plus élevée qu'en Suisse.

Actuellement, 5% des habitants du Danemark sont infectés chaque semaine. A cela s'ajoutent des cas supplémentaires non détectés.

Contrairement à la Suisse, les hospitalisations au Danemark ont également augmenté de manière constante depuis octobre. Toutefois, le ministère danois de la santé indique que ces personnes «doivent être hospitalisées à cause du Covid-19 ou pour d'autres raisons de maladie».

Comme en Suisse, on ne sait pas quelle est la proportion de personnes hospitalisées qui ont réellement besoin d'une aide médicale à cause du Covid-19. A Londres, où cette distinction est faite, plus de la moitié des patients hospitalisés avec le Covid-19 l'ont été pour d'autres raisons. Même s'ils représentent un surcroît de travail pour l'hôpital, ce chiffre montre que les nouveaux variants du virus ne provoquent pas forcément plus d'hospitalisations.

Une situation similaire pourrait également se produire au Danemark. Ainsi, les autorités écrivent que «les premières analyses ne montrent pas de différences dans les hospitalisations entre BA.2 et BA.1». Elles précisent, toutefois, que des clarifications sont encore en cours concernant l'infectiosité et l'efficacité du vaccin.

Des estimations similaires ont été faites en Angleterre, où l'on ne s'attend pas à ce que BA.2 soit plus mortel que BA.1. Emma Hodcroft, virologue à Bâle, se montre prudente sur Twitter:

«Pour l'instant, il n'y a aucune raison de supposer que BA.2 est plus contagieux ou qu'il provoque des évolutions plus graves que BA.1»

L'OMS a publié, le 21 janvier, une mise à jour sur la situation d'Omicron. L'organisation y écrit: «Le variant BA.1 est actuellement répandu dans 171 pays et domine pratiquement partout. De nouveaux développements en Inde, en Afrique du Sud, au Royaume-Uni et au Danemark indiquent, toutefois, que la part de BA.2 est en augmentation. Ce qui concerne la transmissibilité et d'autres propriétés est actuellement à l'étude, mais n'est pas encore clair».

L'OMS explique: «Des études sont nécessaires pour mieux comprendre les caractéristiques de BA.2. Il est également crucial de déterminer dans quelle mesure BA.2 se distingue de BA.1 en termes de capacité de transmission, de défense immunitaire et de risque de contagion».

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