Les microbiologistes et les médecins mettent en garde, depuis des années, contre l'inefficacité des antibiotiques. Leur utilisation excessive entraîne des résistances chez les bactéries. C'est ce qui vient de se passer dans le canton de Genève, où une souche de bactéries pulmonaires a combiné plusieurs méthodes connues d'évitement des antibiotiques pour devenir complètement résistante.
La bactérie a développé des pompes moléculaires qui éjectent les molécules d'antibiotiques de l'intérieur de la cellule et les rendent inefficaces. Elle a également créé de nouvelles enzymes capables de détruire les antibiotiques administrés en réserve. La victime de cette bactérie agressive était un homme de 41 ans souffrant d'une maladie pulmonaire chronique. Il a été hospitalisé pendant plus de sept mois en 2019 dans un hôpital genevois, sans amélioration.
Lorsque les symptômes se sont aggravés, ses médecins ont décidé de mettre en place un traitement expérimental avec ce que l'on appelle des phages. Il s'agit de virus qui s'attaquent exclusivement aux bactéries et n'infectent pas les cellules humaines. En dehors de la Russie et de la Géorgie, les phages ne sont pas autorisés comme médicaments. Dans notre pays, on a jusqu'à présent toujours utilisé la méthode chimique: les antibiotiques. Mais dans le cas du patient genevois, il n'y avait pas d'autre solution. On lui a donc administré un mélange concentré de phages à inhaler.
Et voilà: après plusieurs interventions, les symptômes se sont atténués. Malgré quelques rechutes, l'homme a pu sortir de l'hôpital en août 2022 et a même pu reprendre son travail normal, comme l'écrivent les médecins traitants dans une étude récente publiée dans Nature Communications.
Dans la lutte contre les agents pathogènes multirésistants, de plus en plus de médecins misent sur les virus tueurs de bactéries. Actuellement, cela n'est toutefois possible que dans les cas où tous les autres traitements ont échoué. En effet, d'un point de vue purement juridique, la phagothérapie n'est autorisée dans aucun pays occidental, malgré quelques cas publiés de guérison sensationnelle de patients soi-disant condamnés à mort.
Il semble désormais que les phages puissent faire leur entrée officielle à l'hôpital, du moins dans le domaine du diagnostic. En effet, une équipe dirigée par Matthew Dunne et Samuel Kirchner a développé une méthode permettant d'utiliser les phages pour accélérer le diagnostic des infections urinaires. Cette méthode zurichoise fonctionne avec l'urine. Les patients n'entrent donc pas eux-mêmes en contact avec les phages.
La nouvelle méthode de diagnostic consiste à introduire des phages génétiquement modifiés dans l'urine du patient. Un phage n'infecte qu'un seul type de bactérie et émet alors un signal lumineux grâce à une modification génétique. En mesurant ces signaux lumineux, les chercheurs savent quelle bactérie rend le patient malade et peuvent ainsi mettre en place le traitement adéquat en moins de cinq heures. Jusqu'à présent, les bacilles de l'urine devaient être cultivés en laboratoire, ce qui prenait entre 18 et 30 heures.
Le professeur Martin Loessner de l'Ecole polytechnique de Zurich mène depuis longtemps des recherches sur les phages et a participé à l'étude. Il explique:
En effet, les hôpitaux sont libres de choisir leurs moyens de diagnostic. Cependant, selon Loessner, le diagnostic avec des phages est surtout utile lorsqu'il est suivi d'un traitement avec des phages. Le signal lumineux permet de déterminer avec précision quel phage permet d'obtenir le plus grand succès thérapeutique chez le patient concerné.
En plus de la méthode de diagnostic, les chercheurs zurichois ont publié la semaine dernière une autre étude qui constitue une étape importante. A l'aide des ciseaux génétiques Crispr, ils ont optimisé génétiquement les phages de manière à les rendre encore plus mortels pour les bactéries. C'est important, car dans les expériences précédentes, les phages ne tuaient parfois pas toutes les bactéries. Loessner explique: «Dans la nature, il y a un équilibre, les phages dépendent des bactéries comme hôtes pour se répliquer, c'est pourquoi ils n'éliminent normalement pas toute la population». Selon lui, ce problème a enfin pu être résolu grâce aux nouveaux phages améliorés.
Selon Matthew Dunne, le dernier auteur de l'étude, une étude de phase I/II est déjà prévue avec l'hôpital zurichois Balgrist. Elle devrait démarrer dans les années à venir. Le chercheur explique:
Il faudra encore attendre un certain temps avant que les phages soient autorisés comme médicaments. Pourtant, la plupart des experts s'accordent à dire qu'une utilisation médicale serait judicieuse. La raison en est une loi obsolète qui rend jusqu'à présent une autorisation très difficile. Un rapport de 338 pages du Bureau d'évaluation des choix technologiques du Parlement allemand vient de conclure qu'«une évolution du cadre juridique est nécessaire», car il est peu probable, dans les circonstances actuelles, que la thérapie par phages s'établisse à grande échelle.
«Il faut modifier les conditions d'autorisation», commente le professeur Martin Loessner. Selon lui, les lois actuelles sont faites uniquement pour autoriser les applications chimiques et non biologiques. Le professeur espère que dans un avenir proche, l'un des pays européens prendra les devants et autorisera les phages à des fins thérapeutiques. Il est certain que tous les autres pays suivront alors rapidement.
Matthew Dunne, l'un des auteurs des deux études zurichoises, est lui aussi convaincu que cela deviendra bientôt une réalité:
La même chose pourrait se produire avec la technologie des phages si les bactéries résistantes aux antibiotiques se propagent aussi rapidement que certains chercheurs le prédisent.
Traduit et adapté de l'allemand par Nicolas Varin
