Alle stimmberechtigten Schweizer können in den Bundesrat gewählt werden. Man muss weder eine Kandidatur anmelden, noch Mitglied des Parlaments sein. Nach dem dritten Wahlgang dürfen keine neuen Kandidaten mehr teilnehmen.
Der Bundesrat wird von der Vereinigten Bundesversammlung gewählt. Also von den 200 National- und 46 Ständeräten. Gewählt wird im Nationalratssaal, für die Ständeräte befinden sich Stühle an der Rückwand.
Die Nacht vor den Bundesratswahlen wird landläufig die «Nacht der langen Messer» genannt. Der Begriff bezieht sich darauf, dass oft bis spät in die Nacht noch Absprachen zwischen Parteien und Parlamentariern getroffen werden. Entstanden ist der Begriff nach der «Last-Minute-Wahl» von Otto Stich 1983.
Am Wahltag hält der Nationalratspräsident als erstes eine Laudatio auf allenfalls zurücktretende Bundesrats-Mitglieder. Diese haben im Anschluss selbst auch noch das Wort.
Als nächstes geben die Parteipräsidenten die Wahlempfehlung ihrer jeweiligen Partei bekannt. Nun können auch Kandidaten das Wort an die Vereinigte Bundesversammlung richten, müssen dies aber nicht. Erst danach beginnt die eigentliche Wahl.
Die Bundesräte werden nacheinander gewählt, der oder die Amtsälteste zuerst, der oder die -jüngste zuletzt. Gibt es Vakanzen, werden diese Sitze als letztes verteilt. Der Sitz von Eveline Widmer-Schlumpf wird also als letztes vergeben.
Für eine Wieder- oder Neuwahl müssen die Kandidaten das absolute Mehr erreichen, also mehr als die Hälfte aller gültigen Stimmen – 124, falls alle Parlamentarier ihren Wahlzettel ausgefüllt haben. Übersteigt die Zahl der ungültigen Stimmen die der gültigen, wird der Wahlgang wiederholt. Wer weniger als 10 Stimmen erreicht, scheidet aus dem Rennen aus.
Im dritten Wahlgang werden keine neuen Kandidaten mehr zugelassen. Kann erneut niemand die benötigte Stimmenzahl erreichen, scheidet die Person mit den wenigsten Stimmen aus. Es wird so lange gewählt, bis ein Kandidat das absolute Mehr erreicht.
Ist ein Kandidat gewählt, kann er die Wahl annehmen oder ablehnen. Lehnt er ab, findet eine neue Wahl statt. Stehen alle Bundesräte fest, werden sie gemeinsam vereidigt. In seltenen Fällen bittet eine gewählte Person um Bedenkzeit. Eveline Widmer-Schlumpf zum Beispiel, gab ihre Annahme der Wahl 2007 erst einen Tag später bekannt.
Wenige Tage nach den Wahlen geben die sieben Bundesräte die Verteilung der Departemente bekannt.