Seit der Reformation war die Eidgenossenschaft in zwei Konfessionslager gespalten. Auf der einen Seite standen die Katholiken, auf der anderen die Protestanten. Die verschiedenen Ansichten des Glaubens stellten den Bund immer wieder auf eine harte Probe. Meistens gelang es den Eidgenossen, die Konflikte am runden Tisch zu lösen. So auch im Ersten Kappeler Krieg.
Nach Zürich waren die Städte Bern, Basel und Schaffhausen bis 1528 protestantisch geworden. Unter der Führung Zürichs und Huldrych Zwinglis wollten die Protestanten ihre Macht innerhalb der Eidgenossenschaft ausbauen. Dies sollte über die gemeinen Herrschaften erfolgen. Zwingli strebte eine freie Wahl des Glaubens in diesen Gebieten an. Die alten katholischen Orte hingegen bestanden auf einen Mehrheitsbeschluss der regierenden Orte, was faktisch hiess, dass die gemeinen Herrschaften mehrheitlich katholisch geblieben wären.
Die Spannungen nahmen zu und beide Seiten rüsteten sich für einen Krieg. Die Hinrichtung von Jakob Kaiser führte schliesslich zum offenen Konflikt. Die Pfarrei Oberkirch bei Kaltbrunn berief Kaiser 1529 zum neuen Pfarrer. Die Gemeinde lag in der gemeinen Herrschaft Uznach, die von Glarus und Schwyz verwaltet wurde. Sie einigten sich darauf, dass ein katholischer Priester die richtige Wahl gewesen wäre. Jakob Kaiser war jedoch reformatorisch. Sie liessen den Pfarrer verhaften und als Ketzer verbrennen. Ihm wurde vorgeworfen, er habe im katholischen Linthgebiet für die Reformation geworben.
Darauf erklärte Zürich den fünf katholischen Orten Luzern, Uri, Schwyz, Unterwalden und Zug den Krieg und rückte mit den zuvor bereits zusammengezogenen Truppen nach Kappel am Albis an die Grenze von Zug. Unterstützt wurden die Zürcher von Bern. Die fünf inneren Orte sammelten ihre Soldaten auf der anderen Seite. Ihre Armee war jedoch nur etwa halb so gross wie jene des Gegners.
Kurz vor der Eskalation schaffte es der Glarner Landammann Hans Aebli am 10. Juni 1529 zwischen den Konfliktparteien zu vermitteln. Es entwickelten sich längere Gespräche in den beiden Kriegslagern. Dabei kam es immer wieder zu friedlichen Begegnungen zwischen den Soldaten. Sinnbildlich dafür ist die Kappeler Milchsuppe: Vertreter aus beiden Lagern assen zusammen eine Suppe aus Milch und Brot.
Schliesslich einigte man sich am 26. Juni 1529 und schloss Frieden. Das Übereinkommen verhinderte ein Blutvergiessen. Die Vereinbarung fiel eher zugunsten der Protestanten aus, denn in den gemeinen Herrschaften konnte sich die Reformation nun weiter ausbreiten. Die Kirchgemeinden erhielten das Recht, durch einen Mehrheitsbeschluss zu bestimmen, welcher Konfessionsrichtung sie folgen wollten.
Der Frieden beseitigte die Differenzen in der Eidgenossenschaft jedoch nicht. Nur zwei Jahre später prallten die beiden Lager erneut aufeinander. Im zweiten Kappelerkrieg von 1531 siegten die katholischen Orte und machten einige Punkte des Friedensvertrags von 1529 wieder rückgängig. In dieser Auseinandersetzung starb Huldrych Zwingli, was einen weiteren Rückschlag für die Reformation bedeutete.
Der Konflikt zwischen den Konfessionen in der Eidgenossenschaft löste sich erst 1848 mit der Gründung des Bundesstaats. Anders als in Europa gelang dies weitgehend unblutig. Immer wieder schafften es die Orte, eine Lösung zu finden und ein einigermassen annehmbares Gleichgewicht herzustellen.
